openpbs centos 7 配置安装手把手教程

本文记录了 openpbs 在centos 7上进行配置的具体可行步骤,包括可参考的资料、可能遇见的错误及其详细配置方法。对于其他系统版本 如 centos 8,大致步骤基本一致,也可参考本教程。

说明

首先需要说明的是,openpbs之前的版本为pbs pro的开源版本,所以pbs pro的配置方法也可参考。

关于参考文档,成功配置pbs需要参考的文档包括:

1. open pbs 官方用户手册,地址:https://www.altair.com/pbs-works-documentation/ ,涉及到的文档包括PBS Professional Installation & Update Guide,PBS Professional User’s Guide,以及PBS Professional Administrator’s Guide。

2. open pbs 官方论坛:https://community.openpbs.org/, 有配置上的疑难杂症都可以去上边提问,回答者都很专业。

关于安装方式,建议使用rpm包安装,如果下载github上的源码,参照代码中的说明自己编译的话,可能会遇到一些意想不到的坑。所以还是旋泽对应的rpm包进行安装 ,openpbs github地址:https://github.com/openpbs/openpbs

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生存分析简明教程

在生物医学研究中,生存分析 是非常重要和常见的分析方法。本文对 生存分析 中的Kaplan–Meier 模型、Cox 比例风险模型进行了简要而详尽的概述,帮助大家更好的理解生存分析等相关概念。本文适用于生物医学专业初学者以及对生存分析感兴趣的非专业人士。

生存分析

首先,简单描述一下 生存分析 的使用场景,已经熟悉的同学可以选择直接跳过。 生存分析 经常用在癌症等疾病的研究中,例如在对某种抗癌药物做临床试验时,会首先筛选一部分癌症患者随机分为两组,一组服用该试验药物,一组服用对照药物,服药后开始统计每个患者从服药一直到死亡的生存时间,通过考察两组之间的病人在生存时间上是否有统计学差异来判断试验药物是否有效。在这里,死亡是整个实验中重点观测的事件,即 event。对于每个病人,需要记录他们发生该事件的具体时间。因此, 生存分析 可以抽象概述为,研究在不同条件下,特定事件发生与时间的关系是否存在差异。这些具体事件可以是死亡,也可以是肿瘤转移、复发、病人出院、重新入院等任何可以明确识别的事件,而不同条件即为不同的分组依据,可以是年龄、性别、地域、某个基因表达量的高低、某个突变的携带与否等等。下图是钟南山院士在对欧洲呼吸学会针对 Covid-19 的报告中提到的研究结果,他们对湖北省内和省外的病人从开始症状到入院时间做了分析,从发生症状开始,入院则是我们刚才讲的 event 事件,而湖北省内外则是不同的分组条件。图中还提到,他们使用 Cox 模型对地理进行了校正,这也是我们在这篇文章中后续要讲到的内容。对钟南山报告感兴趣的同学可以访问此链接 进行查看。

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PyTorch 简明样例:蛋白质序列预测模型构建、数据载入、抽样、训练、评估

PyTorch 是深度学习领域著名的开发框架,本文将介绍一个完整的代码样例,从使用自定义数据开始,直到评估训练模型结束,旨在为和笔者一样的入门者提供一份可参考的样例。本文使用的神经网络模型主要为 CNN,输入数据为蛋白质序列,每一条蛋白序列通过实验可测得其某指标(Y)的数值,我们希望通过已知的蛋白序列和其对应的 Y 值,预测新序列的Y值。阅读该样例需要对 python 包 pandas 和 numpy 有一定的熟悉。

首先,简单看一下我们的数据情况。

tongjixue shengwuxinxi shenduxuexi tutorial

其中 aa 一列即代表蛋白质序列,y 即代表我们需要训练的目标值。

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wxPython 教程 (十六): wxPython 俄罗斯方块

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俄罗斯方块是最受欢迎的电脑游戏之一,它最初是由一个俄罗斯程序员 Alexey Pajitnov 在 1985 年设计编写的。从那以后,各种俄罗斯方块就成了几乎每个电脑必装的游戏。本节讲述 wxPython 俄罗斯方块 游戏的编写。

俄罗斯方块是一种下落方块的拼图游戏。在这个游戏中,我们有 7 个不同的 tetrominoes :S 形、Z 形、T 形、L 形、线形、反 L 形、正方形。每一个都是由 4 个小方块构成的,它们会从顶端下落,玩家的目标是通过移动和旋转这些形状来使得它们更契合的堆放在最下面。如果有一行被填满,则会消去一行并得到一定分数。直到方块堆积到顶部无法继续下落时,游戏结束。

tutorial wxpython-jiaocheng

图:俄罗斯方块的四格拼板

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wxPython 教程 (十五): wxPython Gripts

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本节中,我们将展示一些简单但完整的脚本,这些图形脚本也叫做 gripts 将展示不同的编程领域应用。

我们一共展示 3 个 wxPython gripts 。第一个发送 email 消息,第二个连接至匿名 FTP 账户并展示一个已连接或未连接图像,最后一个创建一个拼图游戏。

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wxPython 教程 (十四): 提示和技巧

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本节,我们将讲解一些 wxPython 有趣的技巧。

交互按钮

当我们用鼠标进入到按钮区域时, wx.EVT_ENTER_WINDOW 事件将被触发。类似的,当鼠标离开按钮时,wx.EVT_LEAVE_WINDOW 也会被触发。我们对这两个事件进行绑定。

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wxPython 教程 (十三): 自定义控件

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本节讲述 wxPython 自定义控件 。GUI Toolkits 会提供多数常用的部件,比如按钮、文本控件、滚动条、滑块等等。wxPython 也会提供很多控件,但若需要更定制化的控件还是需要开发者自己编写。

自定义控件通过两种方式创建:一种是通过修改或增强现有控件,另一种是我们从零开始直接创建。

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wxPython 教程 (十二): GDI

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本节讲述 wxPython GDI 。GDI (图形设备接口) 是一个处理图形的接口,可以用它来和图形设备比如屏幕、打印机或者文件来进行交互。GDI 允许编程者在屏幕或打印机上来展示数据,而无需考虑具体设备的细节。GDI 将编程者和硬件隔离开来。

从编程者的角度来看,GDI 是处理图形的一组类和方法。GDI 包括 2D 向量图形、字体和图片。

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wxPython 教程 (十一): wxPython 应用骨架

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在本节,我们将创建一些 wxPython 应用骨架 。样例脚本将只负责设计界面而非实现功能,目标是为了展示几款流行 GUI 界面如何用 wxPython 来完成。

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wxPython 教程 (十): 国际化

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国际化和本地化是电脑软件适应非本地环境的方法,尤其是在其他国家和文化环境下。国际化是指确保一个应用能够适应本地的需求,比如保证本地的书写系统可以展示。本地化则是指将应用尽可能的适应特定地域,使用当地语言、当地习惯等等。本节主要讲解 wxPython 国际化 问题。 继续阅读wxPython 教程 (十): 国际化